پاورقی‌های شنی با تک‌گویی دکتر میتهات، راوی داستان، اغاز می‌شود. او، کلافه از یکنواختی کار و زندگی در نقطه‌ای دورافتاده، با تماسی تلفنی آرام‌آرام به دنیای قهرمان دوران کودکی‌اش پا می‌گذارد، قهرمانی که دکتر هرگز او را ندیده، اما ماجراهای هیجان‌انگیزش را از پدر خود شنیده است. حال، پس از حدود صد سال، با کشف دفتر خاطرات او، از قهرمان خود چهره‌ی متفاوتی می‌بیند و با خواندن یادداشت‌های او به سال 1914 می‌رود، به دوران عثمانی و چند ماه پیش از آغاز جنگ جهانی اول. وقایع حال و خاطرات گذشته به موازات هم پیش می‌روند، اما در نهایت، یعنی جایی که به نظر می‌رسد رمان به پایان خود نزدیک شده، نویسنده با خلق فضا و اتفاقی نو خواننده را سخت غافلگیر می‌کند.
