داستان در ابتداي قرن بيست مي‌گذرد. مشاهده‌ي نشانه‌هاي طاعون در يکي از جزاير مهم امپراتوري، که مملو از جمعيت مسلمان و مسيحي است، موجي از نگراني برمي‌انگيزد. از سويي حاکمان محلي وجود بيماري را نفي مي‌کنند و آن را شايعه‌پراکني دشمنان مي‌دانند و از سويي ديگر عبدالحميد، سلطان مرموز عثماني، پزشک متبحر دربار و داماد شاه سابق را به همراه عروسش براي اجراي «قرنطينه» به اين جزيره مي‌فرستد. هر کسي مي‌خواهد در اين بلبشو خودش را نجات بدهد و از قرنطينه بگريزد، اما پزشک مخصوص امپراتور که کشورش در آستانه‌ي فروپاشي‌ است چنين اجازه‌اي نمي‌دهد… ناگهان کنار اين بلاي دامن‌گستر قتلي هولناک روي مي‌دهد و همه را بهت‌زده مي‌کند… پاموک براي اولين‌بار يک راويِ زن براي رمانش برگزيده است، زني که براساس مشاهداشت برادرزاده‌ي زيباي امپراتور، که همراه همسرش به جزيره فرستاده شده، خالق داستان مي‌شود. شب‌هاي طاعون ماجراي زوال پذيرفتن قدرت متوهمي است که همه‌چيز را توطئه مي‌پندارد. رماني که هر لحظه‌اش مملو از قصه و غافل‌گيري است.