مخزن‌الاسرار منظومه‌ای است حکمی - اخلاقی و تا حدودی عرفانی که قابل تقسیم بر سه بخش مشخص است: بخش نخست که بیش‌تر حاوی مقدمات سنتی از قبیل توحید و مناجات، نعوت پیامبر اکرم، مدح ممدوح، بیان اهمیت و مقام این دفتر و امثال این‌هاست؛ دوم بخشی که می‌توان آن را عرفانی خواند، شامل توصیف دل و عوالم آن و بیان چگونگی خلوت پرورش دل؛ سوم بیست مقاله که بیش‌تر موضوعات آن‌ها را امور اخلاقی و دینی تشکیل می‌دهد؛ مقالاتی کاملا مستقل از یکدیگر که خط فکری ویژه‌ای را دنبال نمی‌کند و هر مقاله مذیل به حکایتی در اثبات مطلب است.
